Отправной точкой на пути к открытию СФТИ стал 1924 г., а именно – IV съезд русских физиков в Ленинграде. В.Д. Кузнецов был лидером делегированной на съезд группы физиков из Томска. Всего томским ученым принадлежало около 10% от общего числа выступлений. На съезде Томск был назван одним из центров советской физики.
Идея учреждения в Томске физико-технического института созрела у В.Д. Кузнецова к 1925 г., совпав по времени с инициативой А.Ф. Иоффе развернуть по стране сеть физических НИИ. В поддержку томского ученого выступили такие известные физики, как Н.Н. Семенов, П.П. Лазарев, А.Ф. Иоффе. Финальная стадия в решении вопроса об открытии СФТИ ознаменовалась 8 августа 1928 г. выступлением В.Д. Кузнецова с докладом на заседании Президиума Сибкрайисполкома. 28 сентября 1928 г. в Томск пришла телеграмма из Главнауки о том, что решением СНК РСФСР с 01.10.1928 г. Институт прикладной физики при Сибирском техническом институте преобразован в самостоятельный физико-технический институт. Появление физического института в Сибири имело вполне объективные основания и уже сложившиеся к середине 20-х гг. ХХ века предпосылки. Необходимость коренной модернизации промышленности и выхода страны на новые технологические рубежи требовала расширения периферийной сети научных учреждений, работающих в области физики. Ведущим в стране был Ленинградский государственный физико-технический институт (ЛГФТИ), основанный и возглавленный А.Ф. Иоффе. По его образу и подобию предполагалось создать институты на Украине, Урале и Сибири.
С открытием СФТИ кафедра физики вместе с учебными лабораториями переместилась в здание института. Возникла первая интеграция науки, образования и производства. Владимир Дмитриевич писал: «Создание СФТИ имело цель организовать научный центр для развития физики, для научно-технической помощи развивающейся промышленности Сибири, для подготовки высококвалифицированных кадров и для популяризации физических знаний». Преподаватели и студенты работали в научных лабораториях, которые находились рядом с лекционными аудиториями и учебными лабораториями. Непосредственный контакт кафедр факультета и СФТИ дал возможность расширить научную деятельность путем еще более активного привлечения студентов. Студенты участвовали в работе научных семинаров, на которые собирались физики всего города, и поэтому всегда были в гуще событий в области физики. В свою очередь, сотрудники СФТИ принимали активное участие в подготовке и чтении новых курсов.